Weiher und Feuchtgebiete
Wenn man vom höchsten Punkt der Gemeinde im Ortsteil Bauhof auf das tiefer gelegene Guggenhausen hinunter schaut, ist es vor allem der ca. 10 ha große Guggenhauser Weiher, der ins Auge fällt.
Er ist auf drei Seiten von einem breiten Schilfgürtel umgeben, in dem zu allen Jahreszeiten eine Vielzahl von Wasservögeln lebt und brütet. Neben dem Guggenhauser Weiher liegt der kleinere Sägweiher, mit dem größeren durch einen wilden Erlenbruch verbunden.
Vor allem der Guggenhauser Weiher war bis vor zwei Generationen noch das Reservoir für den Betrieb der Mahl- und Sägmühle im Ort. Diese ist heute zu einem Wohnhaus umgebaut, bei dem der große Mühlstein vor dem Eingang auf die frühere Nutzung des Hauses hinweist. Beide Weiher werden heute vor allem von Anglern geschätzt. Neben diesen beiden bestimmenden Gewässern im Ortsteil Guggenhausen gibt es noch zwei kleinere Weiher bei Wendenreute und zwischen Unterwaldhausen und dem Guggenhauser Ortsteil Luegen.
Ort und Weiher Guggenhausen liegen am Rande eines Ausläufers des Pfrunger-Burgweiler Rieds. In den seit langem entwässerten Talwiesen fließt der Ostrach-Bach, der sein Wasser vom Nachbarort Fleischwangen her und dem Hügelrücken der Ringgenburg bezieht und es in die Donau schickt. Jenseits der Gemarkung Fleischwangen wird die Landschaft dem Bodensee zu entwässert.
Auch in den Ortsteilen Luegen und Egg hat Guggenhausen Anteil an dem größeren Feucht- und Naturschutzgebiet, das sich oberhalb und am Einlauf des Ebenweiler Sees ausdehnt. Gemeinsam mit weiteren Seen und Weihern in der Region bildet dieses Gebiet das FFH-Gebiet „Feuchtgebiete um Altshausen“.
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